4月2日上午，马英九率“大九学堂”的学生赴湖南大学进行两岸青年交流。参与座谈的包括台湾学生28人、湖南大学32人。

在约40分钟的交流中，两岸学子就传承中华文化、升学就业创业等话题展开热烈讨论。马英九回答学生提问并作总结时表示，两岸同文同种，双方都坚持一个中国的立场，这非常重要，希望在这样的前提下，努力减少隔阂，真诚交流。湖南大学2022级硕士生李子怡说，两岸同胞同根同源，是血浓于水的一家人，通过交流，能感受到台湾同学对中华文化的认同与热爱。两岸青年朋友在一起，交流无碍，分外亲切，相互对话能够增进友谊，并且碰撞出思想火花，大家收获都很大。

此前一天，马英九完成了此次大陆之行最重要的行程——祭祖。4月1日上午，马英九与四位姐妹抵达湖南湘潭县双阳村祭祖。马家祖墓位于双阳村一片水田间，建于1928年，安葬着马英九的祖父马立安，汉白玉墓碑上刻着“显考马公大基老大人之墓”。马英九一家肃立在墓前，遵循当地习俗上香、敬献鲜花。之后他用长沙话诵读祭文，几度哽咽，掩面拭泪。

马英九对在场记者表示，“慎终追远，民德归厚矣”，这是我们中国人道德教育非常重要的一部分，他看到祖父的坟，内心非常感动。随后马英九前往白石镇寺门前义渡参访，这是其祖父参与募款修建的义渡。附近聚集不少当地村民高喊“欢迎马先生回乡”，马英九则用长沙话回应道，“湘潭伢子回来了！”还欢迎村民到台湾玩。当地马氏宗亲代表马克非在接受《环球时报》采访时说，两岸一家亲，欢迎马先生常回家看看。

绿营注意到马英九在湖南湘潭老家祭祖时多次提到“中国人”，要马不要忘了台湾的“本”。对此，国民党新北市议员叶元之讽刺称，在全世界华人中，大概只有民进党会为了自身政治利益在台湾搞“去中国化”。他认为，马英九这趟祭祖之旅，让台湾人有了“不能忘了我们的根”的认知。民进党前“立委”郭正亮称，马英九在12天的祭祖与交流之行中，提出“和平奋斗、振兴中华”的目标。他直言，蔡英文的逻辑就是“备战才能避战”，但这个逻辑是错的，“马英九的逻辑才是对的”。

台湾佛光大学公共事务学系副教授柳金财4月2日撰文称，马英九回湖南祭祖慎终追远，彰显两岸民众具有共同的中华民族传统、资产及文化根源，也彰显七成以上台湾民意希望两岸交流、合作及对话。文章认为，此次“祭祖扫墓之旅”，是在“台湾化”历程中注入中国元素，转向“再中国化”。《中国时报》2日刊登的一篇评论认为，蔡英文的路线其实非常清楚，那就是“拥抱美国，做美国的马前卒”，看似有一些风光，但都不过是表面文章，台湾的安全环境这几年变得更加恶劣，台湾的战略纵深已被大为压缩，而美国的军事支持仍虚无缥缈。马英九则不同，他和国民党人意识到美国已经出现的种种问题，也注意到大陆发展取得的成就，简单地在陆美之间做二选一的抉择已不是他们想要的结果，“更重要的是，他们对自己独立处理与大陆的关系更有信心”。文章称，已经卸任的马英九更加从容，也更能依照自己的政治判断行事，“没有太多现实牵绊的马英九可以自己创造出更大的政治空间，反而替自己赢得更大的两岸影响力和话语权”。